早在原始社会，巴彦淖尔市境内阴山以北地区就有人类居住。1950年3月成立绥远省陕坝专员公署。1954年改设为内蒙古自治区河套行政区。1956年甘肃省所辖巴音浩特蒙古自治州和额济纳自治州划回内蒙古自治区，成立巴彦淖尔盟。1958年河套行政区、巴彦淖尔盟合并，成立新的巴彦淖尔盟，盟行政公署迁至磴口县巴彦高勒镇。1970年，巴彦淖尔盟革命委员会迁至临河。2003年12月1日国务院批准撤盟设市。
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